Le Stanze del Duomo nascono dall'attento restauro di un antico palazzo situato a ridosso della porta S.Maria, storico accesso alla città Medievale e nelle immediate vicinanze della Cattedrale duecentesca e del Palazzo Bonifacio VIII.
Le origini del palazzo risalgono ai primi anni del XII secolo. Da fonti storiche si è potuto accertare che l’attuale edificio è stato edificato sui resti della chiesa di Santa Cristina. Tracce di questa chiesa sono visibili sotto forma di parziali archi in pietra faccia a vista sul prospetto adiacente la porta di Santa Maria.
Dall’analisi storica delle murature si può desumere che l’edificio fu ricostruito o in concomitanza o successivamente al rifacimento cinquecentesco della porta S. Maria, tesi avvalorata anche dalla configurazione attuale del corpo scala, il quale conduce esattamente alla quota della parte sommitale della porta stessa, consentendo così una efficace operazione di protezione da parte della gendarmeria cittadina.
Dopo il saccheggio della città avvenuto nel 1550 circa, da parte degli spagnoli guidati dal Duca d’Alba, si avvertì la necessità di fortificare la città e iniziarono così i lavori per la costruzione di alcuni bastioni, di cui uno situato proprio a ridosso della Porta.
Durante il secolo XVII a cavallo con il secolo XVIII, il palazzo è stato utilizzato come dimora del cardinale Benedetto Lomellini.
Fino al 1818 l’edificio è stato nel patrimonio della Congregazione delle Suore di carità di Tecchiena. Nel 1818 l’edificio fu acquistato da un ufficiale dell’esercito di Napoleone Bonaparte, tale Nicolas Pierron, che decise di stabilirsi ad Anagni.
Subito dopo l’acquisto dell’immobile iniziarono lavori di ristrutturazione che furono bruscamente interrotti per cause ignote. Tali lavori riguardavano principalmente la definizione di un impianto decorativo di facciata che prevedeva la totale intonacatura del fabbricato con la realizzazione di modanature e cornici per elevare il livello popolare dell’immobile al livello signorile della famiglia Pierron.
Soltanto nel 2012, dopo la riunificazione dell’intera proprietà nelle mani della famiglia Coletti Conti di Anagni, l’edificio ha goduto di una profonda e accurata ristrutturazione progettata e diretta dell'arch. Alberto Coletti Conti, fortemente incentrata al recupero dell’originalità degli spazi e delle finiture in esse presenti.